Die Pflanzen sind also lange genug drin, als dass es nicht mehr mit der Umstellung von emers auf submers zu tun haben könnte. Was häufig der Fall ist, wenn Pflanzen Löcher haben, ist ein Nährstoffmangel, vor allem durch Kalium ausgelöst. Die Löcher sind aber eher wie kleine Nadelstiche mit dunkler Umrandung. In deinem Fall sieht mir das eher nach Fraßspuren aus. Sehr wahrscheinlich ist eine der Welsarten daran Schuld. Ohne die genaue Art zu kennen, kann man hier aber nichts genaueres sagen. Kannst du mal ein Bild von den Welsen machen?