Hi Maj,
mit etwas Glück, kriegen die kein Ammonium mehr ab und verschwinden dann ohne weiteres Zutun.
Sagte ich doch: Das Problem erledigt sich nebenbei. Wenn der Geruch wirklich durch Cyanos kam, dann könntest du evtl. die nächste Zeit noch Microbe Lift Special Blend oder Seachem Stability verwenden - einfach damit da nicht wieder etwas durchkommt.
Ein paar Pflanzen wirken auf den Fotos etwas blass, evtl. auch gelblich. Das kann durch Eisen-, Nitrat- (Stickstoff-) oder Magnesiummangel kommen, wobei ich das für Magnesiummangel typische gelb-grüne Streifenmuster bei deinen Pflanzen nicht erkenne.
Spar nicht zu sehr am Eisenvolldünger und versuch Nitrat so bei etwa 10mg/l zu halten, dann sollte sich die Sache auch in 2 Wochen wesentlich bessern.
EDIT:
Nitrat muss man mal schauen, da war noch das siporax im Filter (könnte das Nitrat dann genau wieder abbauen). Wenn du auf die Denitrifikation nicht angewiesen bist, kann man das siporax bestimmt entfernen, damit würde ich jetzt aber noch zumindest ein paar Wochen abwarten.